Исследование не имеет противопоказаний, но есть ограничения: микробиота значительно изменяется в период менструации и во время острого течения болезни. Лучше подождать 2–3 недели после прекращения симптомов и завершения лечения, и только после этого проходить анализ. Также не рекомендуем прохождение исследования, если вы: принимали антибиотики меньше, чем за месяц до прохождения исследования, недавно принимали препараты для нормализации работы кишечника.